متن پیام تسلیت رهبر معظم انقلاب به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت
عالم مجاهد جناب حجه‌الاسلام و المسلمین آقای حاج شیخ محسن مجتهد شبستری
رحمهالله علیه را به خاندان گرامی و فرزندان ارجمند و همه ارادتمندان ایشان
در تهران و آذربایجان تسلیت عرض میکنم. این عالم بزرگوار از جمله موفقترین
روحانیون فعال در خدمات اجتماعی و هدایت عمومی و اداره‌ی حوزه‌های علمیه
در تهران و تبریز بودند. تلاش‌ها و زحمات ایشان در دوران طولانی امامت
جمعه‌ی تبریز فراموش نشدنی است و آثار ماندگار آن مرحوم در حوزه‌ی علمیه‌ی
تهران و ... موجب جلب رحمت الهی به ایشان است ان‌شاءالله. از خداوند متعال
مغفرت و علو درجات این عالم بزرگوار را مسألت میکنم.
سید علی خامنه‌ای
27 آبان 1400